della tecnologia dei nanopori a Medellin?
L’acido nucleico è un materiale genetico importante per la maggior parte degli organismi viventi e il sequenziamento accurato degli acidi nucleici è un compito fondamentale nella ricerca sul genoma umano. La tecnologia dei nanopori fornisce un nuovo approccio al sequenziamento, che consente l’analisi diretta e in tempo reale di frammenti di DNA o RNA da corti a ultralunghi in formati completamente scalabili. Ogni filamento di DNA o RNA passa attraverso un nanoporo una base alla volta e provoca un’interruzione caratteristica della corrente nel poro. Misurando le variazioni di corrente è possibile determinare la sequenza di ciascuna base e ricostruire la catena nucleotidica.
Il sequenziamento del DNA è un potente strumento che consente agli scienziati di studiare la struttura dei genomi e capire come funzionano negli stati sani e malati. Tuttavia, ad eccezione del sequenziamento dell’intero genoma e di alcuni sequenziamenti dell’esoma, la maggior parte del DNA sequenziato rappresenta solo una piccola frazione dell’intero genoma. Con lo sviluppo del sequenziamento dei nanopori, è ora possibile sequenziare grandi porzioni del genoma e ottenere dati genomici completi da campioni clinici. Ciò può aiutare a identificare le mutazioni che causano malattie e migliorare la diagnostica.
Il metodo di sequenziamento dei nanopori utilizza una membrana di silice con pori di dimensione 20 nm, composta da ligandi che bloccano i canali ionici fusi alle pareti dei pori mediante un legame metallo-ligando. I ligandi bloccano il passaggio di protoni, ioni e molecole con cariche positive o negative. Il poro può essere controllato modificando la tensione di gate (VG) tra positivo e negativo. Quando VG è piccolo, il flusso elettroosmotico domina la velocità di traslocazione delle particelle e solo poche nanosfere vengono temporaneamente intrappolate da attraenti interazioni coulombiane con la superficie della parete. Al contrario, quando VG è grande, una forte forza di trascinamento elettrostatico impone lunghi plateau che intrappolano la maggior parte delle particelle mentre si avvicinano alla parete dei pori.
Quali sono le applicazioni della tecnologia dei nanopori a Medellin?
Combinando la tecnica di sequenziamento dei nanopori con il sequenziamento mirato computazionale, i ricercatori possono identificare le regioni del DNA con un’alta probabilità di contenere mutazioni che causano malattie e generare sequenze che possono essere utilizzate per la diagnosi. Questo approccio ha il potenziale per porre fine all’odissea diagnostica vissuta da molte famiglie affette da malattie genetiche rare.
Un’altra interessante applicazione della tecnologia di sequenziamento dei nanopori è quella di studiare i modelli di metilazione del DNA nel cancro. La metilazione del DNA è una modificazione epigenetica che altera l’espressione dei geni. Tra i tipi più comuni di metilazione del DNA nelle cellule di mammifero ci sono la 5-metilcitosina (5 mC) e la N4-metilcitosina (4 mC), che possono sopprimere l’espressione genica. L’anomalia del modello di metilazione del DNA è associata a varie malattie, come il cancro, la schizofrenia e il morbo di Alzheimer. La capacità di rilevare la metilazione del DNA utilizzando la tecnologia di sequenziamento dei nanopori consentirà ai ricercatori di sviluppare test diagnostici più precisi e sensibili e di prevedere come i pazienti risponderanno ai diversi trattamenti.
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